Mniej więcej w czasie, gdy Perykles zyskał na znaczeniu w Atenach, charakter Ligi Deliańskiej zmienił się na zawsze. Kluczowe wydarzenie miało miejsce na małej wyspie Naxos w 470 r. p.n.e. Pomimo ciągłej groźby perskich ataków, Naxos zdecydowała, że chce wycofać się z ligi. Ateńczycy odpowiedzieli, wysyłając flotę, by zaatakowała wyspę, a następnie zniszczyła mury jej głównego miasta. Ateńczycy zmusili również Naxos do dalszego płacenia podatków – tylko tym razem Naxos musiało płacić bezpośrednio, aby wesprzeć utrzymanie floty ateńskiej. Liga coraz bardziej funkcjonowała bardziej jak imperium (z Atenami jako egzekutorem), a nie organizacja wzajemnie się wspierająca. W porównaniu z Ateńczykami Persowie nie stanowili tak naprawdę dużego zagrożenia dla mieszkańców Naxos! (Podobny kawałek zastraszania politycznego i militarnego przydarzył się wyspie Thasos w 463 r. p.n.e.)