Grecja i Persja w końcu popadły w konflikt. Armia perska była znacznie większa i bardziej kosmopolityczna niż Grecy kontynentalni, ale główna różnica między obiema armiami polegała na tym, że Grecy na ogół nosili cięższe zbroje i walczyli w ściśle regulowanej formacji, a oddziały perskie nosiły lekką zbroję i były uzbrojone na różne sposoby. Mieszanka wojsk perskiej armii była jedną z jej mocnych stron, ale także inspirowała bunt. Podczas kampanii Dariusza w Tracji pod koniec VI wieku kontyngent z Grecji Jońskiej ocalił siły perskie przed klęską. Grecy odebrali swój sukces w kampanii Tracji jako oznakę perskiej słabości i dostrzegli okazję do buntu. Grek imieniem Aristagoras, którego Dariusz wyznaczył do rządzenia całą Ionią z Miletu, udał się do Grecji kontynentalnej, aby uzyskać wsparcie od Greków jońskich. Spartanie – zaskakująco odrzucając okazję do bycia trudnym i do walki – odmówili przyłączenia się do Aristagorasa. Spartański król Kleomenes najwyraźniej uważał, że Zatoka Perska jest zbyt daleko, aby podróżować w celu wyzwolenia Grecji. Ostatecznie Aristagoras zyskał wsparcie Aten i miasta Eretria. Rewolta początkowo zakończyła się sukcesem, ale rebelianci nie byli w stanie utrzymać powstania przeciwko potężnym siłom Dariusza. Dariusz miał do wezwania całe imperium i mógł rutynowo poświęcić na kampanię 50 000 ludzi. Ostatecznie w 494 r. p.n.e. armia Dariusza zaatakowała Milet i zrównała go z ziemią. Rewolta się skończyła, a Aristagoras uciekł do Tracji, gdzie ostatecznie został schwytany i zabity, próbując zdobyć poparcie dla nowego buntu. Kampania trwała ponad pięć lat i Dariusz obwiniał o nią Greków. Chociaż Grecy Jońscy spowodowali problemy, Dariusz uważał, że to państwa na greckim kontynencie stały za powstaniem. Skupiłby się teraz na rozszerzeniu swojego imperium na zachód przez Morze Śródziemne.