Nowe terytorium jońskie składało się z 12 głównych miast. Dwa z nich znajdowały się na wyspach Chios i Samos, a inne, takie jak Efez i Smyrna, znajdowały się na kontynencie (patrz mapa ze ściągawkami). W większości nowi osadnicy budowali swoje osady na półwyspach oddalonych od lądu. Obszary te były połączone z lądem wąskimi groblami lub przesmykami. Te lokalizacje były korzystne z kilku powodów:
* Nowe miasta cieszyły się stosunkowo chłodnymi temperaturami wzdłuż gorącego wybrzeża Azji Mniejszej.
* Geografia oferowała naturalne porty, które nowi mieszkańcy wykorzystywali do handlu zaopatrzeniem oraz przyjmowania przyjaciół i krewnych z Grecji kontynentalnej.
* Nowe miasta były bardziej zabezpieczone przed atakiem, ponieważ miały wodę jako naturalną barierę po jednej stronie i świeżo zbudowane fortyfikacje po stronie lądu.
Na początku te nowe miasta nie były szczególnie niezwykłe, ale później stały się niezwykle ważne. Nieustannie zaangażowani w walki między Grecją a Persją, zostali ostatecznie wykorzystani jako pretekst do inwazji na Imperium Perskie przez Aleksandra Wielkiego. Wkrótce po założeniu miasta były niczym więcej jak coraz bardziej popularnymi miejscami handlu. Handel, którym się zajmowali, zetknął ich jednak z kulturą, która wywarła duży wpływ na starożytnych Greków – Fenicjanami.