W pewnym momencie około 1450 r. p.n.e. większość dużych pałaców na Krecie zamieniła się w gruzy. Dlaczego cywilizacja minojska odniosła taki sukces, dlaczego nagle się skończyła? Najczęstszym wyjaśnieniem jest trzęsienie ziemi, prawdopodobnie związane z erupcją wulkanu na wyspie Thera (dzisiejsza Santorini), około 150 lata wcześniej. Wiele osób próbowało powiązać to wydarzenie z legendą o zaginionym mieście Atlantyda. Jeśli teoria wulkanu jest prawdziwa, wyjaśnia to, dlaczego tak wiele pałaców zostało zniszczonych mniej więcej w tym samym czasie, ale daty nie do końca się zgadzają.Jednak niektórzy twierdzą, że mogła być w to zaangażowana ludzka interwencja. Jednym z powodów jest to, że Knossos, największy ze wszystkich pałaców, wydaje się przetrwać jeszcze około 50 lat, co być może wskazuje, że wojna wygrana przez mieszkańców Knossos doprowadziła do zniszczenia innych pałaców na dużą skalę pół wieku wcześniej . Bez względu na przyczynę, do 1400 r. p.n.e. samo Knossos zostało zniszczone, a dominacja i cywilizacja minojska dobiegła końca. Dowody archeologiczne sugerują, że ludzie zniszczyli Knossos. Gdyby tak było, istnieje tylko jeden prawdopodobny kandydat: Mykeńczycy, nowa dominująca siła we wschodniej części Morza Śródziemnego.