Bezpieczeństwo jest rozumiane w kontekście widoczności danych transakcji przez inne strony w witrynie internetowej. Bezpieczeństwo to jedna z kwestii w e-administracji, która wymaga dokładnego zbadania. Przykłady problemów z bezpieczeństwem są następujące:
- Identyfikacja wymagań bezpieczeństwa
- Certyfikaty atrybutów
- Infrastruktura klucza publicznego
- Certyfikacja lub uwierzytelnianie
- Analiza ryzyka i miary dla e-administracji
- Bezpieczeństwo baz danych
Osoby lub obywatele, którym zależy na zapewnieniu, że usługi e-administracji powinny zapewniać poczucie deklaracji, że wszelkie dane osobowe pobrane lub przekazane za pośrednictwem usług będą bezpieczne. Brak bezpieczeństwa może negatywnie wpłynąć na zaufanie obywateli. W związku z tym, gdyby usługi e-administracji nie były wystarczająco bezpieczne, dane i informacje obywateli byłyby zagrożone i mogłyby zostać niewłaściwie wykorzystane lub zmienione przez innych, na przykład hakerów. W systemie powinny być osadzone odpowiednie i adekwatne zabezpieczenia w celu ochrony informacji przed nieuprawnionym rozpowszechnianiem i wykorzystaniem. Badanie przeprowadzone przez Jaruwachirathanakula i Finka wykazało, że zaufanie obywateli do usług e-administracji wiąże się z zapewnionym im bezpieczeństwem.