Gdy spartańskie ataki trwały w Attyce i okolicach Aten, ludzie zaczęli napływać do Aten w poszukiwaniu schronienia i bezpieczeństwa. Skutki tego wzrostu populacji wkrótce odbiły się na wodzy. W 430 r. p.n.e. w mieście ogarnęła straszna choroba. Wiele osób obwiniało wówczas o chorobę statek ze wschodu, ale ogromne przeludnienie i nieprzyjemne warunki w mieście nie mogły pomóc. Tukidydes, który złapał zarazę, ale przeżył, podaje nieprzyjemną relację z pierwszej ręki:
Ciała umierających były ułożone jedno na drugim, a na wpół martwe stworzenia można było zobaczyć zataczające się po ulicach lub gromadzące się wokół fontann w pragnieniu wody. Świątynie, w których zajmowali swoje kwatery, były pełne trupów ludzi, którzy zginęli w ich wnętrzu.
Życie w Atenach musiało być przerażające. Z powodu zarazy i jej następstw zmarło około 30 000 osób. Populacja Attyki tak naprawdę nie wyzdrowiała przez kilka pokoleń. Ateńczycy zrzucili całą winę na Peryklesa, ponieważ jego strategią było prowadzenie wojny za granicą i sprowadzenie wielu ludzi z Attyki do murów Aten. Został zawieszony na stanowisku stratego (generała) i ukarany grzywną. Następnie w 429 r. p.n.e. sam Perykles złapał zarazę i zmarł. W tym momencie Ateńczycy przywrócili go już jako stratego (z powodu braku alternatyw). Śmierć przez zarazę była smutnym końcem życia wielkiego człowieka –- a śmierć Peryklesa pozostawiła Ateny przed bardzo niepewną przyszłością.