Latem 330 r. p.n.e. Aleksander musiał podjąć decyzję: zostać w Babilonie i zadowolić się rządzeniem swoim nowym imperium ze wspaniałego miasta, czy iść dalej? Nic dziwnego, że wybrał tę drugą opcję. Jego wymówką było to, że musiał wytropić Dariusza, ponieważ kiedy żył Dariusz, Aleksander nie był prawdziwym królem Persji. W rzeczywistości Dariusz został wytropiony dość szybko; niektórzy z jego zwolenników już go zabili, ale Aleksander nie był tego świadomy, dopóki niektórzy zwiadowcy z jego armii nie znaleźli ciała perskiego króla bezceremonialnie porzuconego na wóz. Niemniej jednak Aleksander spędził następne trzy lata, przedzierając się po górzystych regionach Baktrii i Sogdiany w północno-wschodniej części Imperium Perskiego, podbijając każde napotkane plemię. To była ciężka praca, walka partyzancka z szybko poruszającymi się wrogami w górzystym terenie.