Jedną z nieprzyjemnych praktyk religijnych, często kojarzonych z Minojczykami, jest składanie ofiar z ludzi. Nawet dzisiaj naukowcy nie mogą się zgodzić, czy ta praktyka rzeczywiście miała miejsce. Kilka miejsc na Krecie zawiera kapliczki z możliwymi dowodami. Najlepszym przykładem jest sanktuarium w Anemospilia, gdzie na platformie znaleziono ciało młodego mężczyzny w bardzo nienaturalnej pozycji. Był w zaciśniętej pozycji, jakby był związany w ramach przygotowań do ofiary, a sztylet został znaleziony na szczycie ciała. Równie dobrze mógł to być odosobniony incydent. Ale biorąc pod uwagę fakt, że Minojczycy rutynowo składali w ofierze setki zwierząt, mogli czasami przestawić się na składanie ofiar z ludzi, na przykład gdy miasto lub miasto borykało się z poważnymi problemami.